藻源虾青素与人工合成虾青素在结构、功能、应用及安全性等方面有着显著差异。 

（1）在结构方面：藻源虾青素100%为左旋结构，具有超强的抗氧化活性；合成虾青素只有25%为左旋结构，几乎不具有抗氧化活性。

（2）在生理功能方面：藻源虾青素95%以上以酯化形式存在（剩下的5%是游离态虾青素），较为稳定，其功效是强大的；合成虾青素是经过复杂的石化过程生产，来源于燃油，以游离态存在，难以稳定。

（3）在应用领域方面：藻源虾青素可作为人类高级营养保健食品和药品、高级护肤保养品、化妆品、水产养殖、家禽养殖等饲料添加剂；合成虾青素只能用作染色剂使用或动物饲料使用。 

（4）在安全性方面：目前还没有出现过任何虾青素导致的中毒情况发生或含有虾青素的某种药物、补充品、食品 产生副作用及其他安全事故。合成虾青素至今为止，没有任何一个国家的卫生部门认证合成虾青素应用于人类领域是安全的。.